Hairi et Danny travaillent tous les deux pour Klon Technologies à la recherche d’antidotes pour les différents virus qui agressent les habitants de la ville de Metrofulus. Alors qu’ils travaillaient sur l’éradication du virus 266, Hairi ingère accidentellement un lézard contaminé. Dès lors, il constate assez vite qu’il se met à disposer de capacités hors normes. Cicakman le super heros est né !

Durant les années 30, John Truscott, jeune officier anglais, est envoyé à Sarawak, lointaine colline britannique au coeur de la jungle malaisienne. Là, il se voit contraint d'accepter une "fille dictionnaire", Selima, qui lui apprendra la langue afin qu'il puisse diriger les peuples aborigènes. Mais la tradition veut que les leçons se passent au lit...

Le diabolique Professeur Klon est de retour. Cette fois-ci c’est pour contrôler l’approvisionnement en eau potable de la terre qu’il menace d’empoisonner selon un plan baptisé “Black Planet”. Dans 72 heures, l’eau deviendra noire et polluée. Heureusement que Cicakman veille dans la mégalopole de Metrofulus.

Kuala Lumpur. Un sans-abri, Hsiao Kang, est attaqué un soir dans la rue. Des travailleurs bangladeshi le trouvent et le transportent chez eux, dans le bâtiment désaffecté où ils habitent. Il va être pris en charge par l'un d'eux, Rawang. Chyi, une serveuse de bar, va elle aussi tomber sous le charme de Hsiao Kang. Cet homme qui n'était plus rien, devient l'objet de toutes les convoitises...